Da unter dem Primat, in Praxis und Klinik heute möglichst wenig invasiv vorzugehen, vielfach sehr kleine Zellmengen gewonnen werden (unter 1 000 Zellen), sind die Anforderungen an die Erfahrung des Pathologen sehr hoch. Doch gerade dieses wenig invasive Verfahren ist der ganz grosse Vorteil der ZYTOLOGIE.
Der Nachteil von zytologischen Präparaten im Vergleich zur Histologie, ist die Dissoziation der Zeilen mit nur zum geringen Teil beurteilbarer Architektur des Gewebeverbandes. Ein wichtiges Kriterium für Entität und Dignität fehlt damit. Eine Zelle ist in der Regel nur einmal färbbar, histologisch kann mit Schnitten von wenigen Mikrometer Dicke der gleiche Gewebeverband, z.T. die gleiche Zelle mit verschiedenen histochemischen und immunhistochemischen Färbungen charakterisiert werden. Letztlich kann aber unter Verwendung verschiedener Spezialverfahren eine Spezifität der zytologischen Untersuchungen in erfahrenen Händen dennoch 99 bis 100 Prozent erreichen.
Zytologische Untersuchungen sind somit durchaus in vielen Fragestellungen sinnvoll. Es eignen sich fast alle Medien für eine zytologische Beurteilung: z.B. wenn Flüssigkeiten (Aszites, Pleuraergüsse, Urin, peripheres Blut) oder zystische, flüssigkeitshaltige Läsionen (Schilddrüsenknoten) untersucht werden müssen. Dabei werden Ausstrichpräparate angefertigt. Durch Zentrifugieren kann man oft zusätzlich einen Gewebeblock für histologische und immunhistologische Untersuchungen herstellen und so die Vorteile beider Methoden kombinieren.
Ungefärbte zytologische Tupf-oder Ausstrichpräparate eigen sich besonders gut für molekularpathologische Untersuchungen mit der FISH (Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung) Technik. Dabei zeigen fluoreszenzfarbstoffmarkierte Sonden Verluste und Gewinne von Chromosomen oder Chromosomenteilen oder Translokationen. Mehrere Fluoreszenzfarbstoffe ermöglichen multiple Untersuchungen an einem einzigen Zellkern.
